No século XVIII os portugueses instalaram na ilha de São Francisco do Sul, uma bateria de canhões para defender o litoral contra os espanhóis, ingleses e franceses. Dessa época restou, apenas, a velha capela dedicada a Santa Barbara.

     A ideia de construção do atual Forte data de 1822, quando a Câmara Municipal de São Francisco do Sul pediu a criação de uma “Companhia de Artilharia”, para fortificar os morros de Joao Dias, Sumidouro, Ponta da Cruz, Hospício e demais pontos “ameaçados pelos castelhanos”. Entretanto, somente em 1909 as terras necessárias à sua construção foram adquiridas pelo Governo Federal.

      Para a posição da bateria foi escolhido o Morro do Joao Dias, onde, desde 1855, havia um farol de orientação. Em 1909, foram iniciadas as obras de fortificação. 

    Dentre as razoes para sua criação, destacassem-se a importância adquirida pelo porto de São Francisco do Sul aquela época (exportação de madeira e erva-mate) e sua interligação via-férrea com a estrada de ferro São Paulo – Rio Grande, Além do mais, esta posição eliminava a lacuna existente na defesa costeira do Paraná e de Santa Catarina pois entre a Fortaleza Nossa senhora dos Prazeres, na ilha do Mel, e do forte Marechal Moura em Florianópolis, nada mais havia para defender nosso litoral.

   Em 20 de maio de 1913 foi organizada e instalada no forte a 5ª bateria independente, no dia 21 de dezembro de 1915 o forte estava concluído e inaugurado com solenidade.

    Foi designado seu patrono o catarinense Marechal Francisco Carlos da Luz (1830-1906), militar, intelectual e politico.

Foram instaladas no Forte, quatro peças Armstrong estabelecidas sobre plataformas de concreto a 100m acima do nível do mar, dispostas em leque, sendo os de 152mm ao centro e os de 120mm nos extremos.

    A partir de 1917, várias baterias passaram pelo Forte, até que, em  outubro de 1964, foi extinta a ultima subunidade a ocupar o “Quartel de Guerra” do morro de João Dias, a 6ª Bateria de Artilharia de Costa.

    A partir de setembro de 1947, o Forte passou a ser ocupado por subunidades de artilharia de costa motorizada, dotadas de canhões moveis Vickers Armstrong 152.4mm, com performance balística mais avançada que os velhos canhões fixos. Os primeiros tiros reais com esses canhões foram realizados em 31 de agosto de 1948. Em 25 de outubro de 1972, foi executado o último exercício de tiro real no Forte.

     Em 1973 uma nova concepção de Estado-Maior do Exército sobre a defesa do litoral, fez com que fosse desativada a Artilharia da Costa. Em 1977 suas instalações passaram, então, apara a responsabilidade direta do Comando da 5ª Região Militar - 5ª Divisão de Exército.

    Das instalações originais encontramos, atualmente, a Bateria de canhões, ruínas da Câmara de Tiro, o Posto de observação, o poço e vestígios da localização e do paiol do Corpo da guarda. Em 2014 o comando da 5ª Região Militar - 5ª Divisão de Exército passou a responsabilidade direta para a Base de Administração e Apoio da 5ª Divisão de Exército.